Das KCE strebt eine konstruktive Kooperation mit anderen Instituten an, um durch gemeinsame Forschungsprojekte zusätzlichen Nutzen für die Wirtschaft zu schaffen. Auch die Zusammenarbeit mit Unternehmen und Verbänden hat eine hohe Priorität. Vor allem Mittelstands- und Branchenverbände sind etablierte Multiplikatoren, über die erfolgreiche Projekte schneller realisiert werden können.
Konkret erstreckt sich die Zusammenarbeit auf die Erarbeitung von aktuellen Fragestellungen, die Teilnahme an empirischen Erhebungen sowie die finanzielle Unterstützung. Momentan arbeitet das KCE mit folgenden Unternehmen und Verbänden zusammen:

• Intagus GmbH
• HypoVereinsbank
• Bergfürst
• DMB Deutscher Mittelstandsbund
• IMW Interessenvereinigung Mittelständische Wirtschaft